Instalación de R y RStudio

¿Qué es R?

R es un lenguaje y entorno de programación para análisis estadístico y gráfico.

Se trata de un proyecto de software libre, resultado de la implementación GNU del premiado lenguaje S. R y S-Plus -versión comercial de S- son, probablemente, los dos lenguajes más utilizados en investigación por la comunidad estadística, siendo además muy populares en el campo de la investigación biomédica, la bioinformática y las matemáticas financieras. A esto contribuye la posibilidad de cargar diferentes bibliotecas o paquetes con finalidades específicas de cálculo o gráfico.

R se distribuye bajo la licencia GNU GPL y está disponible para los sistemas operativos Windows, Macintosh, Unix y GNU/Linux.

Actualización del sistema base

Antes de empezar, asegurarse que se tienen el sources.list actualizado para Debian 7 "Wheezy".

Véase  Actualizaciones y sources.list

Como usuario root ejecutar:

aptitude update && aptitude full-upgrade

Agregar en el archivo /etc/apt/sources.list las siguientes líneas:

#CRAN
deb http://cran.salud.gob.sv/bin/linux/debian wheezy-cran3/

Agregar la llave con la que están firmados los paquetes del repositorio. Esto requiere que el puerto 11371 esté abierto en el Firewall.

apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 381BA480

Actualizar el listado de paquetes:

aptitude update

Instalación de R y sus dependencias

Como usuario root ejecutar desde una terminal:

aptitude install r-base r-base-dev rkward libjpeg62 mesa-common-dev libglu1-mesa-dev openjdk-7-jdk openjdk-7-jre default-jdk xorg-dev freeglut3-dev libiodbc2-dev tk8.4-dev tk8.5-dev

Luego de la instalación ejecutar la siguiente instrucción como usuario normal:

R

Al ejecutar la instrucción anterior el prompt de la terminal se verá como se muestra en la siguiente figura:

Estas instrucciones aplican para cualquier Sistema Operativo en el que se ejecute R.

Ahora se procede a ejecutar la siguiente instrucción para definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("class","cluster","codetools","colorspace","digest","epicalc","ggplot2",
"KernSmooth","MASS","mgcv","modeest","plyr","proto","Rcmdr","RcmdrPlugin.BCA",
"RcmdrPlugin.coin","RcmdrPlugin.depthTools","RcmdrPlugin.DoE","RcmdrPlugin.doex",
"RcmdrPlugin.EACSPIR","RcmdrPlugin.EBM","RcmdrPlugin.EcoVirtual","RcmdrPlugin.epack",
"RcmdrPlugin.EZR","RcmdrPlugin.FactoMineR","RcmdrPlugin.HH","RcmdrPlugin.IPSUR",
"RcmdrPlugin.KMggplot2","RcmdrPlugin.MA","RcmdrPlugin.mosaic","RcmdrPlugin.NMBU",
"RcmdrPlugin.orloca","RcmdrPlugin.pointG","RcmdrPlugin.qual","RcmdrPlugin.ROC",
"RcmdrPlugin.sampling","RcmdrPlugin.SCDA","RcmdrPlugin.seeg","RcmdrPlugin.SLC",
"RcmdrPlugin.SM","RcmdrPlugin.sos","RcmdrPlugin.survival","RcmdrPlugin.TeachingDemos",
"RcmdrPlugin.temis","RcmdrPlugin.UCA","reshape")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Aparecerá un mensaje en el que se pregunta si se desea crear un biblioteca personal, tal como se muestra en la siguiente imagen. Se debe responder que sí, pulsando y y presionando la tecla Enter:

Luego aparece se debe confirmar la creación de la biblioteca para la versión 3.1 de R, para este caso:

El proceso de instalación/compilación iniciará. Esto puede demorar un poco.

Abrir R Commander

library(Rcmdr)

Aparecerá una ventana emergente en la que se solicita la instalación de otras dependencias de Rcmdr. Tal como se muestra en la siguiente imagen:

Dar clic en el botón Sí.Al realizar la acción anterior aparecerá una nueva ventana en la que se pregunta el repositorio desde el que se descargarán los paquetes de los que depende la aplicación o si se tiene un copia local de los mismos. La opción seleccionada es CRAN, por lo que se debe presionar Ok

Después de esto se debe de seleccionar el repositorio de CRAN o CRAN Mirror a utilizar. Seleccionar la opción El Salvador como se muestra en la figura siguiente:

Al terminar la descarga y compilación de paquetes aparecerá la ventana del R Commander.

Se procede a cerrar dicha ventana. Al intentar realizar el cierre de la ventana aparecerá una ventana de confirmación. Presionar OK

Al finalizar la terminal devolverá el prompt. Si se desea salir de R presionar Ctrl+D al realizar esta acción nos preguntara si deseamos guardar la consola de trabajo. En este caso como es instalación escribir y y luego Enter.

Actualizaci'on de R y sus dependencias

Cuando se actualiza R desde la consola del sistema, los paquetes que se hayan instalado desde la consola de R no se actualizan, dicho proceso debe realizarse manualmente mediante

update.packages(ask=FALSE, checkBuilt = TRUE, repos='http://cran.salud.gob.sv')

El 'unico inconveniente conocido es que s;olo actualizar'a los paquetes listados en CRAN, si uso alguna fuente externa para instalar tendr[a que hacerlo a mano.un

Algunos equipos pueden hechar en falta un par de librer[ias de desarrollo en el sistema base (Y el mensaje de error correspondiente aparece en R, lo que no deja de ser gracia):

aptitude install xorg-dev freeglut3-dev libiodbc2-dev tk8.4-dev tk8.5-dev

Instalación de RStudio

RStudio es un entorno integrado de desarrollo (IDE) para R. Este incluye una consola, resaltado de sintaxis y algunas herramientas para generación de gráficos, historial, compilación y administración del área de trabajo.

Como primer paso se debe realizar la descarga del RStudio. Acceder a la pagina oficial de RStudio y seleccionar la mejor plataforma para tu sistema operativo. En este caso la instalación se realiza para máquinas de escritorio Debian 7 de 64 bits. Para iniciar la descarga como usuario normal ejecutar:

wget -c http://download1.rstudio.org/rstudio-0.98.1056-amd64.deb

Nota:La URL cambiaría dependiendo de la versión que se desee instalar.

Esperar a que la descarga termine y como usuario root ejecutar:

dpkg -i rstudio-0.98.1056-amd64.deb

PostgreSQL

R puede conectarse y procesar datos almacenados en una Base de Datos de PostgreSQL, entre otras. Para ello, se deben instalar los siguientes paquetes como usuario root.

aptitude install postgresql postgresql-9.1-plr tk-dev libpq-dev

Luego de la instalación ejecutar la siguiente instrucción como usuario normal:

R

Ahora se procede a ejecutar la siguiente instrucción para definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("bigmemory","DBI","RPostgreSQL","sqldf","shiny")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Se debe configurar PostgreSQL tal como se indica en Preparando el entorno de desarrollo web.

Como usuario postgres crear un usuario de base de datos, por ejemplo, minsal.

createuser -DRP minsal

Es necesario que el usuario creado tenga permiso de superusuario pues PL/R
no está definido como un lenguaje confiable en PostgreSQL.

Crear la base de datos y asociarla al usuario creado anteriormente.

createdb minsaldb -O minsal

Crear el soporte para PL/R en la base de datos minsaldb

createlang plr minsaldb

Cargar las funciones soporte de PL/R

psql minsaldb -f /usr/share/postgresql/9.1/extension/plr.sql

Es posible que el soporte para PL/R ya exista.

MySQL

Para conectar R con MySQL, será necesario instalar estos paquetes en el sistema base

aptitude install liblzma-dev libmysqlclient-dev

Y los paquetes correspondientes dentro de R

paquetes <- c("sqldf", "ggplot2", "grid", "stringr", "RMySQL")
install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv', dependencies=TRUE)

Análisis Multivariado

Para realizar análisis multivariado, se deben instalar los siguientes paquetes de R

Definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("FactoMineR","DBI","foreign","Hmisc","reshape2","arules","arulesViz")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Minería

Instalar las dependencias como usuario root

aptitude install libxml2-dev libcurl4-gnutls-dev

Aparecerá algo similar a lo que se muestra a continuación.

Para hacer uso de minería se deben instalar los siguientes paquetes de R

Definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("RCurl","RColorBrewer","ROAuth","tm","twitteR","wordcloud","stringi")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Series Temporales

Se deben instalar los siguientes paquetes de R, como usuario normal.

Definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("astsa","glarma")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Geoestadística

Instalar las dependencias como usuario root

aptitude install libgeos-dev libproj-dev libgdal-dev

Dependiendo de la configuración del archivo sources.list es posible que sea necesario bajar de versión algunos paquetes para satisfacer las dependencias, tal como se muestra a continuación. Para ello, digitar N para que aptitude genere otra solución, en este caso, bajar la versión del paquete libsqlite3-0.

Instalar los siguientes paquetes de R como usuario normal.

Definir los paquetes a instalar:

paquetes<-c("DCluster","epitools","fields","maps","maptools","proj4","rgeos","sp","spdep")

Instalar los paquetes de R usando el repositorio del Ministerio de Salud:

install.packages(paquetes, repos='http://cran.salud.gob.sv')

Misceláneo

Sería conveniente tener la librería postgis, para esto seguir los pasos de la instalación y creación de la base de datos en Postgis

Más información

• http://cran.salud.gob.sv/
• http://www.r-project.org/
• http://www.rcommander.com/
• http://rkward.sourceforge.net/wiki/Main_Page
• http://www.rstudio.com/