Ver el código fuente de «Instalar LILDBI Debian GNU/LINUX»

Según el [http://wiki.bireme.org/es/index.php/LILDBI-Web wiki de BIREME], <cite>LILDBI-Web es un aplicativo para administración de base de datos de acuerdo con la Metodología LILACS. El sistema es utilizado para entrada, manutención, control de cualidad y recuperación de datos en bases de datos bibliográficas de modo descentralizado</cite> (sic).

La documentación para el proceso de instalación de puede consultar en el archivo [http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/lilacs/lilacs-linux-leame.txt léame] que se proporciona. 

En este artículo se desarrolla el proceso de instalación detalladamente para instalar LILDBI en Debian GNU/Linux para amd64.

Las instrucciones acá detalladas se puede usar tanto para Debian 6.0 "Squeeze" como para Debian 7.0 "Wheezy".

==Instalación de Debian GNU/Linux amd64==

Para el proceso detallado de instalación de Debian GNU/Linux consultar el artículo [[Manual Instalación Debian Squeeze]]. Para este caso en particular, ''NO'' se requiere instalar entorno gráfico pues será un servidor dedicado.

===Repositorios===

Los repositorios a utilizar serán los oficiales y se pueden consultar en el [[Actualizaciones_y_sources.list#Servidores|artículo]] correspondiente. Instalar los keyring y las actualizaciones tal como se indica en el artículo.

===Paquetes requerido===

LILDBI es una aplicación escrita en PHP, por lo que es necesario instalar el servidor web Apache2 y el intérprete de PHP.

Como usuario root ejecutar en una terminal la siguiente orden.

<source lang="bash">aptitude install apache2-mpm-prefork libapache2-mod-php5 php5-gd openssh-server less acl vim</source>

===Creación de cuenta de usuario===

Crear una cuenta de usuario para instalar la aplicación. Como usuario root ejecutar la siguientes órdenes.
<source lang=bash>mkdir /var/www/aplicaciones
adduser --home /var/www/aplicaciones aplicaciones
chown -R aplicaciones:aplicaciones /var/www/aplicaciones</source>

Colocar una contraseña para el usuario creado.

==Descargar LILDBI==

Para este caso, se utilizará la versión 1.7b y se realizará con el usuario aplicaciones creado anteriormente. Por tanto, autenticarse como usuario aplicaciones y asegurarse que se están en la carpeta personal de este usuario.

<source lang=bash>cd</source>
<source lang=bash>wget -c http://trac.reddes.bvsalud.org/projects/lildbi/export/42/downloads/Linux/LILDBI-WEB1.7b.tar.gz</source>

Descomprimir el archivo.

<source lang=bash>tar zxvf LILDBI-WEB1.7b.tar.gz</source>

Esto creará un directorio llamada ''bvs'' dentro de la cuál se encuentran tres directorios: bases, cgi-bin y htdocs.

==Permisos con ACL==

Dado que tanto Apache como el usuario aplicaciones deben tener acceso a los archivos y directorios dentro de bvs, se utilizarán ACL para asignar los permisos.

Primero, se debe identificar en qué partición está /var. Editar el archivo /etc/fstab como usuario root y agregar la opción ''acl'' tal como se muestra a continuación.

Archivo /etc/fstab original.

<source lang=bash>
# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    defaults        0       0
devpts          /dev/pts        devpts  rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620 0  0
/dev/xvda1 none swap sw 0 0
/dev/xvda2 / ext4 noatime,nodiratime,errors=remount-ro 0 1
/dev/xvda3   /var    ext4    defaults                0       1
</source>

Como se puede apreciar, hay una partición dedicada a /var y es /dev/xvda3 (esto puede variar de sistema a sistema). Lo importante, es identificar dónde está /var. En el caso de sistemas con una sola partición, será la raíz /.

Archivo /etc/fstab posterior a la modificación.

<source lang=bash>
# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    defaults        0       0
devpts          /dev/pts        devpts  rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620 0  0
/dev/xvda1 none swap sw 0 0
/dev/xvda2 / ext4 noatime,nodiratime,errors=remount-ro 0 1
/dev/xvda3   /var    ext4    defaults,acl                0       1
</source>

Ahora, se puede apreciar que la partición en la que está /var tiene la opción ''acl''.

Para que la configuración efectuada surta efecto, hay que volver a montar la partición. Como usuario root ejecutar la siguiente orden.

<source lang=bash>mount -o remount /var </source>

Como usuario '''aplicaciones''' se otorgarán los permisos por medio de acl. Ejecutar las siguientes órdenes para moverse al directorio ''bvs'' y aplicar los permisos.

<source lang=bash>cd /var/www/aplicaciones/bvs
setfacl -R -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx bases/ cgi-bin/ htdocs/
setfacl -dR -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx bases/ cgi-bin/ htdocs/</source>

Los permisos se aplican primero a los archivos y luego a los directorios.

===Carpeta temporal para LILDBI===

LILDBI requiere de un directorio de trabajo temporal. Se creará en el directorio personal del usuario aplicaciones y también se le otorgarán los permisos con ''acl''. Para ello, ejecutar las siguientes órdenes.

<source lang=bash>cd
mkdir -p lildbi-web/tmp
setfacl -R -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx lildbi-web/
setfacl -dR -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx lildbi-web/</source>

==Configuración de rutas de LILDBI==

Existen cinco archivos que deben reflejar las ubicaciones de la instalación de LILDBI.
<source lang=bash>
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft
</source>

La configuración de cada archivo se muestra a continuación.

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php'' '''original'''. Sólo se muestran las líneas relevantes al inicio del archivo.

<source lang=php>
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
TEMPDIR=/home/aplicacoes/lildbi-web/tmp
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php'' con las '''modificaciones'''.

<source lang=php>
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
TEMPDIR=/var/www/aplicaciones/lildbi-web/tmp
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php'' '''original'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/decs/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/decs/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/decs/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php'' '''modificado'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/decs/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/decs/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/decs/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php''  '''original'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/iah/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php'' '''modificado'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/iah/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php'' '''original'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/iah/edit/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php'' '''modificado'''.

<source lang=php>
PATH_DATA=/lildbi/iah/edit/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft'' '''original'''.

<source lang=php>
'UPLOAD_ID.*=',         '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/id.*'/
'UPLOAD_ADMIN.*=',      '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.*'/
'UPLOAD_ADMIN.FST=',    '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.fst'/
'INIT.PFT=',            '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInit.pft'/
'END.PFT=',             '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newEnd.pft'/
'INPUTFILE.PFT=',       '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInputFile.pft'/
'formInit.pft=',        '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'newFormInit.pft=',     '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormInit.pft'/
'formEnd.pft=',         '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormEnd.pft'/
'newFormEnd.pft=',      '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormEnd.pft'/
'output.pft=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/output.pft'/
'outputInit.pft=',      '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputInit.pft'/
'outputEnd.pft=',       '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputEnd.pft'/
'outputHeader.pft=',    '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputHeader.pft'/
'SUBMIT.PFT=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'submit.pft=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/submit.pft'/
'SUBDIR.PFT=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/subdir.pft'/

</source>

* Archivo ''/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft'' '''modificado'''.

<source lang=php>
'UPLOAD_ID.*=',         '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/id.*'/
'UPLOAD_ADMIN.*=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.*'/
'UPLOAD_ADMIN.FST=',    '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.fst'/
'INIT.PFT=',            '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInit.pft'/
'END.PFT=',             '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newEnd.pft'/
'INPUTFILE.PFT=',       '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInputFile.pft'/
'formInit.pft=',        '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'newFormInit.pft=',     '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormInit.pft'/
'formEnd.pft=',         '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormEnd.pft'/
'newFormEnd.pft=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormEnd.pft'/
'output.pft=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/output.pft'/
'outputInit.pft=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputInit.pft'/
'outputEnd.pft=',       '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputEnd.pft'/
'outputHeader.pft=',    '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputHeader.pft'/
'SUBMIT.PFT=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'submit.pft=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/submit.pft'/
'SUBDIR.PFT=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/subdir.pft'/
</source>

==Actualización de WXIS==

La versión de '''wxis''' que se encuentra en la versión de LILDBI 1.7b no funciona en sistemas de 64 bits. Por lo que es necesario actualizarla. Para ello, como usuario ''aplicaciones'' ir al directorio '''cgi-bin''' y descargar la versión adecuada de wxis, tal como se muestra en las órdenes siguientes.

<source lang=bash>
cd /var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/
wget -c http://trac.reddes.bvsalud.org/projects/cisis/export/401/trunk/utl/linux64/isis1660/wxis
mv wxis wxis1660.exe
chmod +x wxis1660.exe
</source>

Con esto se sustituye la versión de wxis y se le asignan los permisos de ejecución.

==Configuración de Apache==

Para ver detalladamente la configuración de de Apache se puede consultar el artículo [[Virtual Host]].

Como usuario root moverse al directorio de configuración de Apache para crear el virtual host.

<source lang=bash>cd /etc/apache2/sites-available</source>

Crear un archivo (por ejemplo, lildbi) y colocar el siguiente contenido.

<source lang=apache>
# Inicio del archivo
<VirtualHost lildbi.dominio.tld:80>
        ServerName lildbi.dominio.tdl
        DocumentRoot /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs
        Options FollowSymLinks MultiViews
        DirectoryIndex index.htm index.php homepage.htm
        ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/"

        <Directory "/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin">
                AllowOverride None
                Options FollowSymLinks
                Order allow,deny 
                Allow from all 
        </Directory>

        <Directory "/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs">
                AllowOverride None
                Options All
                Order deny,allow
                Allow from all 
        </Directory>


        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/lildbi.dominio.tld-error.log
        # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit, 
        # alert, emerg. 
        LogLevel warn
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/lildbi.dominio.tld-access.log combined
</VirtualHost>
# Fin del archivo
</source>

Cambiar los datos del dominio y del nombre del servidor.

Agregar en el archivo ''/etc/hosts'' la IP y el nombre del servidor.

<source lang=bash>
127.0.0.1    localhost
192.168.1.2  lildbi.dominio.tld
</source>

Activar el virtual host. La siguiente instrucción debe corresponder al nombre del archivo que se creó. Después se debe cargar nuevamente Apache para que la configuración surta efecto.

<source lang=bash>a2ensite lildbi
/etc/init.d/apache2 reload</source>

==Configuración Inicial de LILDBI==

Ir a la página de configuración de LILDBI http://lildbi.dominio.tld/lildbi/install/setup.php y verificar que las rutas sean las que se han configurado previamente.

Luego, hacer clic en '''Próximo'''. Si la configuración se ha efectuado correctamente, aparecerá el mensaje '''Configuración finalizada'''.

==Página de inicio de LILDBI==

Para ingresar a la página de inicio, ir a la dirección http://lildbi.dominio.tld/lildbi/index_es.htm

==Actualización de base DeCS==

Las indicaciones se encuentran en [http://wiki.bireme.org/es/index.php/Actualizaci%C3%B3n_de_las_bases_auxiliares Actualización de bases auxiliares] del wiki de BIREME.

 Desactivar el sistema tal como se describe en el enlace anterior.

* Como usuario aplicaciones ir a al directorio bvs. <source lang=bash>cd /var/www/aplicaciones/bvs</source>
* Descargar el archivo http://files.bvs.br/upload/lildbi-web/upd-BVSLILACS-lin.tgz <source lang=bash>wget -c http://files.bvs.br/upload/lildbi-web/upd-BVSLILACS-lin.tgz</source>
* Descomprimir el archivo <source lang=bash>tar zxvfp upd-BVSLILACS-lin.tgz</source>
* Luego, hay que descomprimir el archivo upd-bvslilacs-common.tgz <source lang=bash>tar zxvfp upd-bvslilacs-common.tgz</source>

 Reactivar el sistema según las instrucciones del wiki de BIREME.


[[Categoría:DTIC|Instalar LILDBI Debian Squeeze]]
[[Categoría:DTIC Servidores|Instalar LILDBI Debian Squeeze]]