Instalar LILDBI Debian GNU/LINUX

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Última revisión de 16:18 22 jul 2014

Según el wiki de BIREME, LILDBI-Web es un aplicativo para administración de base de datos de acuerdo con la Metodología LILACS. El sistema es utilizado para entrada, manutención, control de cualidad y recuperación de datos en bases de datos bibliográficas de modo descentralizado (sic).

La documentación para el proceso de instalación de puede consultar en el archivo léame que se proporciona.

En este artículo se desarrolla el proceso de instalación detalladamente para instalar LILDBI en Debian GNU/Linux para amd64.

Las instrucciones acá detalladas se puede usar tanto para Debian 6.0 "Squeeze" como para Debian 7.0 "Wheezy".

Contenido

[editar] Instalación de Debian GNU/Linux amd64

Para el proceso detallado de instalación de Debian GNU/Linux consultar el artículo Manual Instalación Debian Squeeze. Para este caso en particular, NO se requiere instalar entorno gráfico pues será un servidor dedicado.

[editar] Repositorios

Los repositorios a utilizar serán los oficiales y se pueden consultar en el artículo correspondiente. Instalar los keyring y las actualizaciones tal como se indica en el artículo.

[editar] Paquetes requerido

LILDBI es una aplicación escrita en PHP, por lo que es necesario instalar el servidor web Apache2 y el intérprete de PHP.

Como usuario root ejecutar en una terminal la siguiente orden.

aptitude install apache2-mpm-prefork libapache2-mod-php5 php5-gd openssh-server less acl vim

[editar] Creación de cuenta de usuario

Crear una cuenta de usuario para instalar la aplicación. Como usuario root ejecutar la siguientes órdenes.

mkdir /var/www/aplicaciones
adduser --home /var/www/aplicaciones aplicaciones
chown -R aplicaciones:aplicaciones /var/www/aplicaciones

Colocar una contraseña para el usuario creado.

[editar] Descargar LILDBI

Para este caso, se utilizará la versión 1.7b y se realizará con el usuario aplicaciones creado anteriormente. Por tanto, autenticarse como usuario aplicaciones y asegurarse que se están en la carpeta personal de este usuario.

cd
wget -c http://trac.reddes.bvsalud.org/projects/lildbi/export/42/downloads/Linux/LILDBI-WEB1.7b.tar.gz

Descomprimir el archivo.

tar zxvf LILDBI-WEB1.7b.tar.gz

Esto creará un directorio llamada bvs dentro de la cuál se encuentran tres directorios: bases, cgi-bin y htdocs.

[editar] Permisos con ACL

Dado que tanto Apache como el usuario aplicaciones deben tener acceso a los archivos y directorios dentro de bvs, se utilizarán ACL para asignar los permisos.

Primero, se debe identificar en qué partición está /var. Editar el archivo /etc/fstab como usuario root y agregar la opción acl tal como se muestra a continuación.

Archivo /etc/fstab original.

# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    defaults        0       0
devpts          /dev/pts        devpts  rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620 0  0
/dev/xvda1 none swap sw 0 0
/dev/xvda2 / ext4 noatime,nodiratime,errors=remount-ro 0 1
/dev/xvda3   /var    ext4    defaults                0       1

Como se puede apreciar, hay una partición dedicada a /var y es /dev/xvda3 (esto puede variar de sistema a sistema). Lo importante, es identificar dónde está /var. En el caso de sistemas con una sola partición, será la raíz /.

Archivo /etc/fstab posterior a la modificación.

# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    defaults        0       0
devpts          /dev/pts        devpts  rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620 0  0
/dev/xvda1 none swap sw 0 0
/dev/xvda2 / ext4 noatime,nodiratime,errors=remount-ro 0 1
/dev/xvda3   /var    ext4    defaults,acl                0       1

Ahora, se puede apreciar que la partición en la que está /var tiene la opción acl.

Para que la configuración efectuada surta efecto, hay que volver a montar la partición. Como usuario root ejecutar la siguiente orden.

mount -o remount /var

Como usuario aplicaciones se otorgarán los permisos por medio de acl. Ejecutar las siguientes órdenes para moverse al directorio bvs y aplicar los permisos.

cd /var/www/aplicaciones/bvs
setfacl -R -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx bases/ cgi-bin/ htdocs/
setfacl -dR -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx bases/ cgi-bin/ htdocs/

Los permisos se aplican primero a los archivos y luego a los directorios.

[editar] Carpeta temporal para LILDBI

LILDBI requiere de un directorio de trabajo temporal. Se creará en el directorio personal del usuario aplicaciones y también se le otorgarán los permisos con acl. Para ello, ejecutar las siguientes órdenes.

cd
mkdir -p lildbi-web/tmp
setfacl -R -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx lildbi-web/
setfacl -dR -m u:www-data:rwx -m u:`whoami`:rwx lildbi-web/

[editar] Configuración de rutas de LILDBI

Existen cinco archivos que deben reflejar las ubicaciones de la instalación de LILDBI.

/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php
/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft

La configuración de cada archivo se muestra a continuación.

  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php original. Sólo se muestran las líneas relevantes al inicio del archivo.
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
TEMPDIR=/home/aplicacoes/lildbi-web/tmp
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/lildbi.def.php con las modificaciones.
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
TEMPDIR=/var/www/aplicaciones/lildbi-web/tmp
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php original.
PATH_DATA=/lildbi/decs/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/decs/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/decs/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/decs/decsserver.def.php modificado.
PATH_DATA=/lildbi/decs/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/decs/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/decs/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php original.
PATH_DATA=/lildbi/iah/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/iah.def.php modificado.
PATH_DATA=/lildbi/iah/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php original.
PATH_DATA=/lildbi/iah/edit/
PATH_CGI-BIN=/home/aplicacoes/lildbi/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/iah/edit/iah.def.php modificado.
PATH_DATA=/lildbi/iah/edit/
PATH_CGI-BIN=/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/lildbi/iah/
PATH_DATABASE=/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft original.
'UPLOAD_ID.*=',         '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/id.*'/
'UPLOAD_ADMIN.*=',      '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.*'/
'UPLOAD_ADMIN.FST=',    '/home/aplicacoes/lildbi/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.fst'/
'INIT.PFT=',            '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInit.pft'/
'END.PFT=',             '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newEnd.pft'/
'INPUTFILE.PFT=',       '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInputFile.pft'/
'formInit.pft=',        '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'newFormInit.pft=',     '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormInit.pft'/
'formEnd.pft=',         '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormEnd.pft'/
'newFormEnd.pft=',      '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormEnd.pft'/
'output.pft=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/output.pft'/
'outputInit.pft=',      '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputInit.pft'/
'outputEnd.pft=',       '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputEnd.pft'/
'outputHeader.pft=',    '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputHeader.pft'/
'SUBMIT.PFT=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'submit.pft=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/submit.pft'/
'SUBDIR.PFT=',          '/home/aplicacoes/lildbi/htdocs/lildbi/docsonline/pft/subdir.pft'/
  • Archivo /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/cipar.pft modificado.
'UPLOAD_ID.*=',         '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/id.*'/
'UPLOAD_ADMIN.*=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.*'/
'UPLOAD_ADMIN.FST=',    '/var/www/aplicaciones/bvs/bases/lildbi/comum/docsonline/upload.fst'/
'INIT.PFT=',            '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInit.pft'/
'END.PFT=',             '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newEnd.pft'/
'INPUTFILE.PFT=',       '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newInputFile.pft'/
'formInit.pft=',        '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'newFormInit.pft=',     '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormInit.pft'/
'formEnd.pft=',         '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormEnd.pft'/
'newFormEnd.pft=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/newFormEnd.pft'/
'output.pft=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/output.pft'/
'outputInit.pft=',      '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputInit.pft'/
'outputEnd.pft=',       '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputEnd.pft'/
'outputHeader.pft=',    '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/outputHeader.pft'/
'SUBMIT.PFT=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/noFormInit.pft'/
'submit.pft=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/submit.pft'/
'SUBDIR.PFT=',          '/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs/lildbi/docsonline/pft/subdir.pft'/

[editar] Actualización de WXIS

La versión de wxis que se encuentra en la versión de LILDBI 1.7b no funciona en sistemas de 64 bits. Por lo que es necesario actualizarla. Para ello, como usuario aplicaciones ir al directorio cgi-bin y descargar la versión adecuada de wxis, tal como se muestra en las órdenes siguientes.

cd /var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/
wget -c http://trac.reddes.bvsalud.org/projects/cisis/export/401/trunk/utl/linux64/isis1660/wxis
mv wxis wxis1660.exe
chmod +x wxis1660.exe

Con esto se sustituye la versión de wxis y se le asignan los permisos de ejecución.

[editar] Configuración de Apache

Para ver detalladamente la configuración de de Apache se puede consultar el artículo Virtual Host.

Como usuario root moverse al directorio de configuración de Apache para crear el virtual host.

cd /etc/apache2/sites-available

Crear un archivo (por ejemplo, lildbi) y colocar el siguiente contenido.

# Inicio del archivo
<VirtualHost lildbi.dominio.tld:80>
        ServerName lildbi.dominio.tdl
        DocumentRoot /var/www/aplicaciones/bvs/htdocs
        Options FollowSymLinks MultiViews
        DirectoryIndex index.htm index.php homepage.htm
        ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin/"
 
        <Directory "/var/www/aplicaciones/bvs/cgi-bin">
                AllowOverride None
                Options FollowSymLinks
                Order allow,deny 
                Allow from all 
        </Directory>
 
        <Directory "/var/www/aplicaciones/bvs/htdocs">
                AllowOverride None
                Options All
                Order deny,allow
                Allow from all 
        </Directory>
 
 
        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/lildbi.dominio.tld-error.log
        # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit, 
        # alert, emerg. 
        LogLevel warn
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/lildbi.dominio.tld-access.log combined
</VirtualHost>
# Fin del archivo

Cambiar los datos del dominio y del nombre del servidor.

Agregar en el archivo /etc/hosts la IP y el nombre del servidor.

127.0.0.1    localhost
192.168.1.2  lildbi.dominio.tld

Activar el virtual host. La siguiente instrucción debe corresponder al nombre del archivo que se creó. Después se debe cargar nuevamente Apache para que la configuración surta efecto.

a2ensite lildbi
/etc/init.d/apache2 reload

[editar] Configuración Inicial de LILDBI

Ir a la página de configuración de LILDBI http://lildbi.dominio.tld/lildbi/install/setup.php y verificar que las rutas sean las que se han configurado previamente.

Luego, hacer clic en Próximo. Si la configuración se ha efectuado correctamente, aparecerá el mensaje Configuración finalizada.

[editar] Página de inicio de LILDBI

Para ingresar a la página de inicio, ir a la dirección http://lildbi.dominio.tld/lildbi/index_es.htm

[editar] Actualización de base DeCS

Las indicaciones se encuentran en Actualización de bases auxiliares del wiki de BIREME.

Desactivar el sistema tal como se describe en el enlace anterior.
  • Como usuario aplicaciones ir a al directorio bvs.
    cd /var/www/aplicaciones/bvs
  • Descargar el archivo http://files.bvs.br/upload/lildbi-web/upd-BVSLILACS-lin.tgz
    wget -c http://files.bvs.br/upload/lildbi-web/upd-BVSLILACS-lin.tgz
  • Descomprimir el archivo
    tar zxvfp upd-BVSLILACS-lin.tgz
  • Luego, hay que descomprimir el archivo upd-bvslilacs-common.tgz
    tar zxvfp upd-bvslilacs-common.tgz
Reactivar el sistema según las instrucciones del wiki de BIREME.
Herramientas personales
Espacios de nombres

Variantes
Acciones
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Herramientas